“打的很辛苦啊，两个礼拜的训练不够啊！”刘阿斗就站在防御装置的顶部，看着初号机和昼天使大战三百回合。
不过总体来说还是碇真嗣在被揍，少年还没有成长起来啊，不过刘阿斗却想自己把使徒全给带走，拿走所有的S2机关，这个世界的脑残精英们就失去了让生命树出现的条件，会不会集体自杀呢？
管他们呢，那些脑残也没有征求全世界人民的意见就决定回归，自杀也是活该。
这是个充满宗教控的世界，充满了神罚与救赎的思考。在这个世界对神话是有史可考的，死海文书保存全文，并被解读出来，精英们认为这个世界将会接受到前所未有的浩劫，所以人类只有回归统一才能度过，他们认为自己其实是在拯救人类。
至于为什么他们如此相信末日会来临，也是因为使徒的出现。第二次冲击消灭了当时人类的一半数量，连天空都变成了血霾，挥之不去。所以他们相信第三次冲击，甚至更可怕的末日会降临，人类回归是唯一让人类存活下去的手段。
使徒的出现更加验证了他们的看法，因为他们源源不断来到第三新东京市，为的就是和神经元底部隐藏的东西融合引起第三次冲击。
这里就要说使徒的目的和精英们的目的了，似乎都是要消灭全人类，但还是有不同的。使徒的第三次冲击可以解读为神罚，就是上帝设置在地球的清洗开关。就好像远古时期诺亚方舟的故事中滔天洪水一样，只是神罚，所以远古洪水被称为第一次冲击，现代南极亚当和莉莉丝的融合被称为第二次冲击，也是被归类为神罚，上帝拨了拨手就带走了无数人类的生命。但上帝不会让人全部死光，幸存的人还会继续饱受苦难的折磨，继续在这个物质的世界生存下去，等待第三次，第四次，或者更多次的神罚。这就是上帝对人类的安排，不灭绝，却一次次地让他们感受神威。
而人类精英却要违抗上帝的旨意谱写自己的剧本，通过EVA猎杀使徒，让S2机关的能量全部回去本源，让生命之树重生，然后用自己制造的伪神，也就是量产EVA，进行祭献，让人类回到生命之树上继续做果实。
因为这个世界上的神话是有考据的所以这个世界精英知道地球上一切的生命都来源于生命之树，生命之树上的莉莉丝之卵生出了所有的使徒，而使徒分食了生命之树上的果实，吃到生命果实获得强大AT力场的就是现在那种巨大的使徒，吃了智慧之果没有强大AT力场的就慢慢变成了人类。
孕育生命的生命之树，诞生使徒的莉莉丝之卵，赐予AT力场的生命果实，以及智慧果实，这些名词就是早期的人类发明的，而述说神话，继承一代代传说的人就是SEELE，神经元身后的幕后黑手，妄图让全人类回归的精英结社。
迷信害死人啊，刘阿斗对这个世界一直是这样认为的，SEELE认为干掉所有的使徒，生命树上只留下人类，人类就算统治世界了，就补全人类了，就能躲开劫难了，却不知道做宇宙中一个小小的果实，是多么渺小，这样的结果只会让上帝忽视而已，而且做唯一的果实，这样统治世界又有什么意思？难道要做个和树枝说话，跟树叶交流，与风云低语的神灵么？简直是一群迷信的白痴，他们所期待的世界，单调枯燥，连宅男都不会喜欢。
既然说了使徒的目的和SEELE的目的，就再说说碇源堂司令的目的，他有自己的补完计划，前半部分和SEELE的计划一样，也是干掉所有的使徒让生命树重现人间，不过他把细节做了些改动。原版的补全计划是所有人都变成一个果子，但碇源堂想要和他的妻子留在这个世界。在所有灵魂变成果肉的时候，碇源堂会利用凌波丽的身体找回妻子完整的身体，然后他们两者的灵魂会远离生命树永恒地在一起，就好像伊甸园里的亚当和夏娃，当然形态可能不一样，可能他们那时候已经不是人了，只剩灵魂，或者变成了怪物，但重要的是他和妻子在一起。为了这个目的，碇源堂不介意利用自己的儿子不断激活妻子融合在初号机里的部分灵魂，也不在乎毁掉全人类，毁掉SEELE的补完计划。
碇源堂不迷信，不过太缺爱了，估计这个世界除了碇唯没人受得了这个臭脾气的大叔，所以才会如此想要找回碇唯的爱。
战场之上，初号机背后的电源线被砍断了，只剩下五分钟的战斗时间。因为出号机没有S2机关，所以需要电源提供能量维持AT力场。电源断掉，备用电池只能支持五分钟。
大危机，而且更让碇真嗣蛋疼菊紧的是他竟然看到了自己的两个同学，一位戴眼睛一看就感觉是宅男的家伙，一个留在刺猬头一看就是不良的坏学生。那位不良叫什么名字来的，还打过碇真嗣一拳，说是他的妹妹在之前的战斗里受伤了。开什么国际玩笑，碇真嗣自己也在之前的战斗中受伤了好不好，他自己还糊涂着呢，为什么自己来见爸爸却变成了驾驶员还要和使徒这种东西战斗？没错，知道军事机密的感觉很爽，但自己上来拼命就是另一回事了啊。碇真嗣认为自己对同学妹妹受伤的事没有什么责任，不过让他眼睁睁看着两个同学被踩成肉泥，他还是做不出来。
说到底碇真嗣只是个性扭捏，脾气阴柔，从小没人疼没人爱的孤独少年而已。并没有心狠手辣的决断和杀伐果决的决心。
那就救人吧，碇真嗣心说让他们上到驾驶室里，和我一起喝这些重口味的LCL液体，不行了，不能想了。要是妹子还好，至少还是妹汁，三个汉子挤在一起，喝对方的口水和体液，碇真嗣这个小闷骚要吐了：“不能逃！”怎么也是有同龄人在，要表现。
初号机装备震荡刀，准备最后的战斗。
“在大人面前耍脾气，在同龄人面前要表现，果然还是个孩子！”刘阿斗摇头，眼看初号机就要反杀使徒了。
瞄准昼天使的S2机关，冲过去，刺进去就好了。碇真嗣高喊一声，朝山坡下的敌人冲去，而距离初号机停止只有一分钟了。..
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