雷影提议组建一支专门的感知部队，大家也都同意。关键问题在感知部队队长的确定上，艾建议由希担任，照美冥推荐青，纲手想要推荐日向日足。鹿久劝道，“纲手大人，情报部队和医疗部队队长都由我们木叶忍者担任了，如果再占据感知部队队长，会让其他忍村感到不安，这样不利于团结。”纲手觉得有道理，木叶放弃了这个职位的争夺。云隐和雾隐为感知部队队长争执不下，晶臧提出一个折中的办法，“请雾隐的青上忍担任队长，云隐的希上忍担任副队长，这样如何？”
这样一来，雾隐和云隐都觉得可以接受了，感知部队的问题就解决了。辅助性的后勤部队的组建已经完全解决了，接下来就是重中之重的战斗部队了。五影经过讨论后，决定组建5支战斗部队，外加一支大名护卫队。部队的编制上，采取混合编队，而不采取单独忍村组队，防止出现互相保存实力的问题。在这个问题上，五影很快达成了一致性的共识。三船担心道，“可是这样混编，各个部队内部的互相配合就很成问题了。”
纲手道，“有利也有弊，这样比各大忍村单独组队要好得多。”大野木道，“虽然可能会降低一些战斗力，但总好过大家各自心怀鬼胎。”照美冥道，“大家混编在一起，就只能一起拼死作战，互相帮助。”我爱罗道，“目前只能这样了，至于信任和配合问题，只好慢慢磨合了。”艾也认可这个组队方式，“总之我们一定要团结……那么我们来确认一下各个队伍的队长吧！”
联军战斗总队长由风影我爱罗担任，大家想了想都同意了。第一支部队是中距离联合军分队，主力为擅长暗器和武器的忍者。艾提议由云隐的达鲁伊担任队长，纲手建议由木叶的猿飞阿斯玛担任副队长，经过讨论后，大家一致通过了。
第二支部队是近战联合军分队，这是战斗在最前线的部队，需要擅长近战和体术的忍者。大野木提议由岩隐的黄土担任队长，纲手提议由木叶的白云叶山担任副队长，这个提议也通过了。
第三支部队是介于第一和第二分队之间的近中距离联合军分队，只有兼备体力和速度的忍者才能胜任。纲手这次当仁不让，提议由木叶的旗木卡卡西担任该队伍的队长，迈特凯担任副队长。大家也都认可旗木卡卡西的能力，经过争论后，同意了这个提案。
第四支部队是远距离联合军分队，负责密切配合情报部队并支援前线，同时还肩负着保护后方支援部队的责任。本来我爱罗想提议马基担任队长的，但是纲手却认为可以由我爱罗兼任分队长，马基担任副队长。其他各影也都赞同。
第5支部队是战斗特别部队，使用特殊忍术和攻击方法。三船急忙站起来，表示要担任这个队伍的队长。五影商量后，基本同意了这个建议。为了表示对三船和他的武士们的信任，这个队伍里并没有安排副队长，由三船全权负责。
最后大名护卫队，大家一致同意由五代水影照美冥担任队长，负责保护各国大名的安全。同样，这支部队不再设立副队长职位。
把6支部队的队长、副队长的人选分配争论完，大家都有些口干舌燥筋疲力尽的感觉。因为这6支部队的队长安排，涉及到各个忍村的切身利益，不仅要考虑到人选的实力，还要平衡忍村之间的职位分配。纲手对这个安排也还算满意，虽然在队长的安排上各个忍村打成平手，但在副队长职位上，木叶明显占据优势。其他忍村似乎也意识到木叶人才辈出，因此阻止在战斗特别部队和大名护卫队设立副队长，以避免木叶过于强势。
趁着诸影松劲的时候，按照晶臧的交待，紫苑提出组建一支战略预备队，队长暂定由紫苑担任，当然人数控制在10人左右，由木叶提供战力。诸影觉得好笑，认为是紫苑是小姐脾气胡闹，想要表现大会上的话语权。纲手看了看晶臧，苦笑摇头，但最后还是点头同意了。既然火影没有意见，其他诸影也都没什么异议。
晶臧提出一个新问题，“在战场上，忍者们缴获的战利品怎么分配？”雷影艾道，“当然谁抢到就是谁的，看谁的运气好、实力强。”大野木道，“正是如此，比如我们岩隐夺得的战利品，其他村子可不能再抢夺。否则会破坏团结引起混乱的。”晶臧道，“问题就在这里，如果有的战利品原来属于其他忍村呢？比如像奇拉比上忍夺得的兵刃鲛肌。”照美冥马上道，“当然应该归还原来所有者的忍村。”我爱罗皱眉，“在战斗中，这样做恐怕会引起很多争议。”
雷影艾哼了一声，“还是那句话，谁抢到就归谁。自家忍村的忍具，抢不回来只能怪自己无能。”很明显，云隐根本不打算归还鲛肌。照美冥脸色铁青，愤怒到了极点。纲手只好打圆场，“这样吧，等战争结束后，各个忍村之间再通过谈判，彼此交换回原属对方的忍具。这样如何？”雷影表示赞同，“不过，要是雾隐没有抢到价值相同的忍具，我们云隐可不会做赔本生意。”三船暗自摇头，“这样下去，只怕这次忍界大战结束后，马上又会有新的纷争。”
一番争执后，尽管水影不赞成，但战利品归属的问题，还是以多数票通过了，那就是谁抢到就归谁，而不再归还原忍村。晶臧再次道，“那么最终的战利品，7只尾兽应该怎么分配处理？如果现在不达成共识，只怕战争一结束，新的大战就要爆发了。”这个话题一起，为了各自的利益，五影就吵成一团。纲手提议五大国共管七大尾兽，不再制造人柱力，只有我爱罗同意，其他3影全部反对。
经过一番唇枪舌剑的争论后，五影都同意原属各忍村的尾兽，归还原属忍村。按照这个分配，三尾和六尾还给雾隐，四尾和五尾还给岩隐，一尾归还砂隐，二尾归还云隐。大家最大的争论在原属泷隐的七尾上，由于泷隐根本没派代表前来参加会议，也不打算参加忍界大战，自然不会再把七尾还给泷隐（弱国无外交，涉木领袖悲哀中）。
为了不让木叶一无所获，在纲手的争取和我爱罗的支持下，其他3影勉强同意把七尾交给木叶管理。而作为回报，木叶在这次战争再增加2000名忍者，把忍者联军增加至85000人（包括三船的3000武士），并承诺在必要时请三代火影猿飞日斩等人参战。木叶比其他各村多一名影级忍者，在这个时候起到了决定性作用。
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