佐助是宇智波一族族长富岳和美琴的次子。童年时期的佐助在哥哥鼬的天才光环下长大，父亲对佐助要求严格，但有时因为鼬而忽视了佐助；母亲对佐助的照顾无微不至，教育多以循循善诱为主。
尽管有竞争，但兄弟之间感情深厚，鼬会去接佐助放学，并耐心教导佐助忍术。佐助则以鼬为榜样，在忍者学校取得第一名，在生活中喜欢与鼬一起修炼。
鼬与父亲在工作上产生分歧，关系一度恶化。富岳开始花更多时间在佐助身上，并传授他家族的基础忍术“豪火球之术”。当佐助第一次尝试时只产生了小范围的火焰。富岳说佐助果然还是不能像鼬一样立刻学会这一招，于是告诫佐助别操之过急，以后有机会再试。
隔日，佐助告诉父亲自己已经学会了豪火球之术，并向父亲展示。富岳终于说出“不愧是我的儿子”，同时也让佐助不要再以鼬为目标。
一天，佐助因为练习手里剑而回家很晚，等他到达家里后却发现父母倒在血泊之中，而鼬则站在父母尸体旁边。鼬告诉佐助，是他全灭宇智波一族，以此来测试自己的“器量”，同时鼬告诉佐助，要开启万花筒写轮眼就必须杀掉自己最重要的人，并告诉佐助如果有和自己一样能力的话再来找自己。佐助受到巨大刺激开启单勾玉写轮眼，后来昏迷。从此佐助便以“杀死那个男人——鼬”为目标，不断变强。
佐助与鸣人、樱为木叶隐村忍者学校的同期学员。三人后被分配到卡卡西所带领的第七班。他给人一种冷酷，不易接近的感觉，但帅气的外表和忍者学校第一的成绩使得他在学校中拥有众多“迷妹”，因此受到鸣人嫉妒。
在自我介绍时，佐助表示自己讨厌的东西很多，没什么喜欢的东西，而他有一个愿望，就是重振宇智波一族和杀死那个男人。
佐助一开始对队友漠不关心，不搭理鸣人的挑衅，对樱的善意举动也很冷淡。当第七班开始卡卡西的铃铛测试时，他从一开始就决定独自对付卡卡西，根本没打算要两个队友帮忙，在卡卡西毫不客气地向他指出这一点后，佐助逐渐认识到要成为一个忍者就必须学会团队合作。当卡卡西宣布鸣人受到的惩罚是不能吃饭后，佐助不顾禁令把自己的便当给受罚的鸣人吃，无意中使三人通过了卡卡西的测试。
第七班在完成一系列的D级任务后，终于接到第一个C级任务：护送桥梁建筑师达兹纳回波之国。不久后，他们就遭到了鬼兄弟的偷袭。面对初次实战，鸣人有点儿害怕，失去了抵抗能力，而佐助则冷静应战，直到卡卡西出手救援，心有不甘的鸣人发誓要在后面的战斗里一雪前耻。后桃地再不斩来袭，卡卡西被水牢术困住，鸣人想出妙计，和佐助配合解开了对卡卡西的束缚。再不斩被暂时击退后，卡卡西决定通过爬树教三人如何控制查克拉。鸣人和佐助互相竞争，很快都爬到了树顶，那个时侯两人的羁绊也进一步提升。
战败的再不斩带着白一周后再次出现，向第七班复仇，佐助的对手是拥有冰遁血继限界的白。由于受过训练的缘故，佐助很快跟上了白的速度。白为了摆脱劣势，使出秘术·魔镜冰晶，将佐助困在里面。此时，匆忙赶到的鸣人冲动地踏进了白的陷阱。
佐助在和白的战斗中，不断尝试，最终成功开启自身的血继限界写轮眼。这时的佐助不但可以看穿白在镜子中光速般的移动，甚至还可以掩护重伤的鸣人。白感觉到了不妙，利用攻击鸣人来造成佐助的破绽。佐助明知是计，仍然用自己的身体掩护了鸣人。为了掩饰对鸣人的保护，他傲娇的说这样做不是为了救他，只是身体不由自主罢了。最终，愤怒的鸣人用九尾的力量击败了白，而佐助其实只是晕了过去，不久后醒了过来。
中忍考试前，李洛克前来挑战佐助。佐助认为自己的写轮眼可以复制任何招数，并没把李放在眼里。然而李在速度和身手上有着一定优势，虽然两人没战斗到最后，但让李胜利的事实还是让佐助非常不爽。在第一场笔试中，佐助发现自己一题也不会，但他很快意识到考试的重点在于考验如何在不被发现的情况下抄袭，而是考忍者的观察能力（找到有答案的人）以及在无人发现的情况下快速获取情报信息的能力（抄袭答案），而不是靠自己答题。佐助利用自己的写轮眼，通过复制其他考生的铅笔移动完成考题。
第二场开始后不久，佐助和樱在死亡森林就遭到大蛇丸的攻击。在大蛇丸的强大实力之下，佐助非常害怕。
就在佐助为保住性命，要将卷轴交给大蛇丸的时候，鸣人出现并勇敢地和大蛇丸战斗。鸣人的激将法激发了佐助的斗志，佐助使出“写轮眼操风车·三之大刀”将大蛇丸压制，并用火遁龙火之术烧毁了大蛇丸的脸。出于对佐助天赋的欣赏，大蛇丸给佐助种下天之咒印。佐助痛苦地倒下，而大蛇丸离开前告诉樱，佐助迟早会来找他获取力量。因为中咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去知觉，樱在一旁照料。
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