SEELE的人隐藏在全世界各个地方，他们有不同的身份，身居高位。除了他们自己知道人类补完计划之外，其他人只知道他们是为了保护人类而战斗的重要人物，是不可或缺的英雄。伪装起来的SEELE成员是受人尊敬的角色，但现在却被初号机无情杀死。
只有SEELE的成员大概猜到了初号机是在猎杀SEELE，这是来自人类的反击，他们自然不会坐视不理。
全世界的舆论运动起来，全人类都知道初号机被使徒侵蚀成为了使徒，现在初号机是全人类的敌人。
没人会为初号机辩解，因为知道真相的人还在南极的电磁风暴中徘徊，找不到回去的道路。
“果然把神经元和EVA交个碇源堂一个人是个错误么？从一开始人类补完计划就多有偏失，现在他的儿子更是反过头来想要猎杀我们，要修正这样的错误，我们要花费太多的精力和资金了。”
SEELE的会议，对初号机和碇源堂的失误进行声讨。
“碇源堂是个有能力的人，如果没有他我们的计划也执行不了，但他的儿子确实是计划之外。”
“人类补完计划还有机会，初号机和那个刘阿斗狼狈为奸，情报说失去的S2机关都在那艘飞船上，只要我们能够消灭飞船，那么补完计划还能继续。”
“我同意你的看法，但初号机现在太强大了，根本没有人能阻止。”
“呵呵，也不是不能阻止，不要忘记了我们现在可是人类的救世主，初号机才是堕落的英雄，是恶魔，只要发动所有的力量我不相信不能消灭使徒和那艘飞船。重要的是计划的进程能回归正途。”
“那给碇源堂下命令吧，他对人类补完计划的忠心不亚于我们中任何人，我想他会愿意帮忙消灭他的儿子的，而且他不是还有三架EVA么。”
“只要再过一段时间EVA量产机就能全部装配完成，到时候就让我们用人类最后的胜利来为人类的句号，开始人类补完计划。”
“正该如此。”
SEELE这边补完计划还有可能，但碇源堂司令的小算盘已经完全不可能了。因为碇源堂的计划可没有SEELE那样粗暴，直接全灭人类。
碇源堂希望的是他和碇唯两夫妻能双宿双飞，所以需要精妙的计算，不然他的计划和SEELE的剧本就完全一样了。碇源堂原来的计划是进行一场小规模的可控的人类补完计划。仪式由他和凌波丽完成。碇源堂将亚当植入右手，而凌波丽又有莉莉丝的细胞，所以碇源堂会用右手和凌波丽进行融合，然后利用他和凌波丽认识的关系要求凌波丽按照他的要求进行一切仪式。
可惜原著中，最后凌波丽选择了碇真嗣这小鲜肉，而不是老大叔。原著中凌波丽夺走了碇源堂手上的亚当，然后又和莉莉丝完全融合成为了一切的主导者，但凌波丽却将最后是否进行人类补完计划的选择权给了碇真嗣。
软弱的碇真嗣，因为承受不了好友接二连三身死的打击，潜意识里选择了启动人类补完计划，但在最后他和好基友渚熏的灵魂见面，认识到了自己这不过是又一场的逃避，终于振作起来，有了活下去的勇气，人类补完计划终止。
碇真嗣和明日香活着，世界的角落里应该也还有其他人活着，但大多数人已经死去，人类成为了凤毛麟角。
所以没有凌波丽的碇源堂不能确定最后举行仪式的时候他还能主导一切。简单来说人类补完计划是完全公平公正的全灭，但碇源堂却培养了凌波丽这样的一位裁判想要托关系走后门捞好处，现在凌波丽没有了，碇源堂自然不知道怎么再把握节奏了。
虽然零号机里还有凌波丽的细胞却已经来不及再进行培养了，但碇源堂还不想放弃，他还想做最后的挣扎。
既然儿子的第二人格能这么做，那碇源堂也准备冒险了，首先他就把亚当胚胎植入了自己的右手，重写剧本，但结局不会改变，依旧是碇源堂和碇唯从此以后过上了幸福快乐的生活。
SEELE，碇源堂，刘阿斗三方势力各展神通。
刘阿斗自然直来直去，打的SEELE焦头烂额，虽然他们想利用人民群众的力量打击初号机，可是每次初号机杀掉了SEELE成员就跑路，根本拿他没办法。
倒是SEELE的成员发现日本总部一直没事，所以纷纷跑到第三新东京市避难去了，果然到了那里之后，初号机就不来了，但使徒来了。
荧光闪闪的，造型华丽的鸟天使，是真正有天使特效的使徒，华丽。
下雨了，难得的雨天战场，淅沥沥的雨声让人感觉心跳也改变了节奏。二号机和三号机站在雨中，抬头看向阴天中难以言明的阴郁。
使用轨道狙击枪，二号机负责射击。
“明日香，镇定一点，等到锁定了以后再开枪，弹药有限。”美里说道，这是阳电子来复枪，一个电容就是一发子弹。
“我知道，我知道。”明日香舔着嘴唇说道：“我可不会输给新来的。”
“目标现在还在射程之外。”超高倍率的摄像机进行锁定，直接贯穿到宇宙轨道，甚至透过了乌云，这个世界的黑科技也是不少，EVA本身就是外挂。
“真是的，竟然让女士久等，太不绅士了。”明日香说道，她就等开枪了。
突然乌云之中普降华光，宛如上帝张开手臂拥抱二号机，光芒将二号机包裹住了。
在远处的预备的渚熏大呼不妙，这是精神污染。
只是一瞬之间，明日香隐藏起来的记忆全部被勾起来了，母亲把洋娃娃当做女儿的童年，母亲上吊的心里阴影，父母死去，孤独的童年，残忍地出现在了她的脑海里。
母亲残酷的声音在幼年的时候比恶鬼的地狱还要可怕，“啊啊！”
“明日香！”
“是精神污染，AT力场解析不能，虽然是可视的热能光线，却不知道为什么干扰了驾驶员的思想。不好了，同步指数紊乱。神经逆流。”
“快断开连接。”
“没有响应。”反正这种安全设置在关键的时候就没有发挥过作用。
二号机再次陷入危机。..
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